O incumprimento das regras de registo no SIAC resulta em multas que podem oscilar entre 50 euros (para pessoas singulares) e 3.740 euros (para pessoas coletivas). Podem ainda ser aplicadas outras medidas sancionatórias, como por exemplo, a perda do animal a favor do Estado, a privação do direito a subsídio ou benefício outorgado por entidades ou serviços públicos, suspensão de autorizações, licenças e alvarás, entre outras.